Около 700 тыс. рек, общей протяженностью свыше 1,5 млн км насчитывается на территории республики. Бассейны реки Лена и её притоков — Алдана, Вилюя, Олёкмы занимают около 65% акватории Якутии. В первую десятку крупнейших рек мира входит Лена (свыше 4400 км). Большую часть вод Лена с притоками собирает южнее Якутии, а именно в горах Южной Сибири. Площадь бассейна реки исключительно велика, что также является причиной её полноводности. Своё название Лена получила от тунгусского «слюне», что означает в переводе «море, которое течёт».
На севере протекают другие крупные реки — Анабар, Оленёк, Яна, Индигирка, Колыма, не являющиеся притоками Лены, однако все реки края относятся к бассейну Северного Ледовитого океана. Наиболее теплые из рек «обогревают» днища долин, в результате чего происходит оттаивание участков грунта в мерзлых породах.
Крупные реки судоходны, а Лена и некоторые её притоки активно используются также и для лесосплава. Берега Лены в среднем течении сложены древними известняками, здесь водный поток прорезал горные породы наиболее глубоко, в результате чего в нем возникли трещины, параллельные долине. Солнце и ветер иссушили обрывистые берега — крутояры, — тем самым расширяя трещины. Эти почти 250-метровые обрывы, как бы расщеплённые ударами топора, и есть Ленские столбы. На их вершинах сохранилась хорошо скатанная галька — ровесница древней эпохи. На утесах различимы рисунки древних людей, изображающие охоту н различных зверей. Они имеют ритуальный смысл н носят название «ленские писаницы».
Всего в Якутии имеется свыше 700 тыс. рек и речек и столько же озер, крупнейшими из которых являются: Моготаево, Нерпичье, Ноджели и другие. Потенциальные гидроэнергетические ресурсы рек составляют 70 ГВт среднегодовой мощности. В республике имеется Вилюйское водохранилище.